Początki muzeum sięgają roku 1954, kiedy to ówczesny opat dr Stanisław Kiełtyka chcąc ocalić zbiory sztuki sakralnej, a także eksponaty zbierane od okolicznej ludności, założył klasztorne muzeum, które decyzją Ministerstwa Kultury i Sztuki stało się filią Muzeum Diecezjalnego w Tarnowie. Muzeum pierwotnie znajdowało się w pomieszczeniach klasztornych zwanych przeoratem, a zbiory nie były jeszcze uporządkowane. W roku 1966 dokonano uporządkowania zbiorów i podzielenia ich na 2 działy: militaria i sztuka sakralna. W 1978 cystersi odzyskali XVII wieczny spichlerz, który podczas remontu okazał się dawną rezydencją opata. Podjęto decyzję, aby wykorzystać ten budynek na muzeum historyczne. Przebudowę zakończono ostatecznie w 1984 r. i zgodnie z decyzją opata dr Huberta Kostrzańskiego przeniesiono eksponaty z klasztoru do całkowicie przebudowanego dawnego spichlerza. Nad prowadzonymi pracami czuwał O. Henryk Jędrzejewski obecny kustosz muzeum.